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什么是dPCR系統(tǒng)的死體積?
預反應體積與反應體積之差稱為死體積(dead volume)【1】,其中預反應體積是指分區(qū)之前準備的初始體積,包括master mix、引物、探針以及待檢測樣本;反應體積是指被檢測到的分區(qū)總體積n×Vp,n為分區(qū)總數(shù),Vp為分區(qū)體積。
死體積一般是在分區(qū)過程中產(chǎn)生,如制備過程移液步驟過多、復雜管路設計、分區(qū)過程的擠壓設計、分區(qū)后的穩(wěn)定性等,有一些儀器的檢測過程也會降低樣品的利用率。
任何生物分析都存在二次抽樣誤差,只有部分樣品被分析而不是全部,導致重復檢測之間的統(tǒng)計差異。例如血液樣本處理量可以達到幾毫升,而dPCR檢測體系一般只有幾十微升。二次抽樣是一個不可避免的誤差來源,尤其是在樣品中目標分子很少的情況下。由二次抽樣引起的檢測誤差可以由以下公式(1)進行計算【2】,其中m是二次取樣中目標分子的數(shù)量,對于95%的置信度,Zc應為1.96。
死體積的存在導致dPCR運行過程中對樣品進行再次抽樣,其引起檢測結(jié)果的影響可參考二次抽樣誤差計算。A. Lievens等人也模擬了不同樣品利用率和各種λ值的情況下再次抽樣對結(jié)果誤差的影響【3】。
圖1 樣本利用率與檢測誤差率的關(guān)系
圖片來源:羅氏診斷整理
圖1縱坐標表示誤差超過25%的結(jié)果比例,橫坐標表示用于分析的樣本比例,圖1的A中:藍色表示目的基因λ=0.003,紅色表示目的基因λ=0.015,黃色表示目的基因λ=0.03;圖1的B中:藍色為目的基因λ=0.001,紅色為目的基因λ=0.005,黃色為目的基因λ=0.01。結(jié)果表明絕對誤差超過25%的結(jié)果比例與樣品利用率成負相關(guān),既死體積越大,出現(xiàn)誤差偏高的機率越大。
從一個簡單的例子可以進一步解釋死體積對dPCR檢測結(jié)果,尤其是低拷貝模板的檢出率的影響。
如圖2【4】所示:在不存在死體積的情況下,樣本拷貝數(shù)為15,分區(qū)數(shù)量為15。如死體積率為5%,有效分區(qū)數(shù)約為14~15,樣品檢出率在12~15拷貝之間;如死體積率為25%,有效分區(qū)在11~12,樣品檢出率在4-15拷貝;死體積率為50%,則有效分區(qū)數(shù)為7~8,樣品檢出率為2~13拷貝。死體積率越高,檢測結(jié)果的穩(wěn)定性越低,檢出限(LOD)也隨之降低,這一效應在低拷貝樣品中尤其明顯。
圖2 dPCR分區(qū)
圖片來源:Journal of Food Protection, Vol. 74, No. 9, 2011, Pages 1404–1412.
與qPCR相比,dPCR檢測過程需要經(jīng)過分區(qū)這個過程,死體積率的出現(xiàn)不可避免,但死體積率與檢測結(jié)果的穩(wěn)定性和檢出限成負相關(guān),尤其是在檢測低拷貝樣品時需要重點關(guān)注dPCR系統(tǒng)的死體積率,盡可能選擇死體積率低的系統(tǒng),以保證結(jié)果的準確性。
參考文獻:
【1】Clinical Chemistry, Volume 66, Issue 8, August 2020, Pages 1012–1029 ;
【2】SLAS Technology, Volume 22, Issue 4, August 2017, Pages 369-386 ;
【3】PLoS One, Volume 11, Issue 5, May 2016 ;
【4】Journal of Food Protection, Vol. 74, No. 9, 2011, Pages 1404–1412.
* MC-CN-02328 有效期至2025年8月5日
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